Der Name dieser Orgel wird durch die ursprünglich sichtbaren Clarinettenpfeifen aus Messing bestimmt. Später baute man die Clarinettenpfeifen aus Holz. Die Clarinettenpfeifen sind wie die Trompetenpfeifen ebenfalls Zungenpfeifen. In der Regel haben die Clarinettenpfeifen im Gegensatz zu den Trompetenpfeifen meist die gleiche Länge des Schalltrichters. Zungenstimmen verstimmen sich leichter als die Labialpfeifen und müssen mit Hilfe einer an der Pfeife befindlichen Stimmkrücke gelegentlich nachgestimmt werden. Clarinettenorgeln baute man mit 24, 30, 33, 35, 38, 41, 44, 47 und 50 Tonstufen. Man findet heute solche Instrumente nur noch sehr selten. Sie sind dann oft in einem erbärmlichen Zustand und die Kosten für eine Restaurierung sind sehr hoch. Dazu kommt noch die oft wenig ansprechende Klangfarbe der Orgel. Später entwickelte man Clarinettenorgeln, in denen die klangbestimmenden Clarinetten aus Holz gefertigt und im vorderen Unterkasten montiert wurden. Teile einzelner Pfeifen ragen unter dem Unterkasten etwas hervor und sind dann für das Publikum sichtbar.